v0.1.0rc4 · Official MCP v2 · Python 3.11+ · Apache-2.0
Meta-CodeGraph 是一个本地只读的“文献—代码”知识图谱。你用自然语言问一篇论文或一种方法，它返回论文自有代码的公开位置，同时说明这条关系的证据层级、成熟度和导航深度。
它解决的是两个常被混在一起的问题：代码在哪里，以及我们凭什么认为它属于这篇论文。Seurat、Scanpy 这类第三方工具生态默认不会被算成论文自己的代码。
这是真实 v0.1.0rc4 数据包上的结果摘要，不是示意 benchmark：
{
"query": "POSST macrophage",
"title": "Macrophage-rich niches regulate T cell dynamics at the liver invasive margin during gallbladder cancer progression.",
"code_location_url": "https://github.com/zaozaozaonan/POSST",
"location_kind": "GIT_REPOSITORY",
"coverage_tier": "T1",
"evidence_maturity": "RECALL_PENDING_STATIC_GATE",
"navigation_depth": "RELATION_ONLY"
}
答案不仅告诉你“去哪里”，还明确告诉你：论文自有位置已经确认，但静态仓库 gate 仍待完成，目前只有关系级导航，不能假装已经映射到 Figure 或 Methods。
当前版本还没有发布到 PyPI。请从 GitHub Release v0.1.0rc4 下载：
metacode_sci-0.1.0rc4-py3-none-any.whl：软件metacode-data-0.1.0rc4.zip：图谱数据SHA256SUMS.txt：发布文件校验
Windows PowerShell：
Get-FileHash .\metacode_sci-0.1.0rc4-py3-none-any.whl -Algorithm SHA256
Get-FileHash .\metacode-data-0.1.0rc4.zip -Algorithm SHA256
Expand-Archive .\metacode-data-0.1.0rc4.zip -DestinationPath .
$env:METACODE_DATA_ROOT = (Resolve-Path .\metacode-data-0.1.0rc4).Path
python -m pip install .\metacode_sci-0.1.0rc4-py3-none-any.whl
metacode-doctor
METACODE_DATA_ROOT 必须指向含 BUNDLE_MANIFEST.json 和 content_packet_v1_1_1/ 的 bundle 根目录。不要进入数据目录后再用 python -m 启动；数据包不会被加入 Python import 路径。
sha256sum -c SHA256SUMS.txt --ignore-missing
unzip metacode-data-0.1.0rc4.zip
export METACODE_DATA_ROOT="$PWD/metacode-data-0.1.0rc4"
python -m pip install ./metacode_sci-0.1.0rc4-py3-none-any.whl
metacode-doctor
metacode-doctor 通过时会明确读回运行边界：
{
"ok": true,
"version": "0.1.0rc4",
"writes": false,
"network": false,
"candidate_code_execution": 0
}
然后把 stdio MCP 注册到 Codex、Claude Code 或其他 MCP host：
{
"mcpServers": {
"metacode": {
"command": "metacode-mcp",
"env": {
"METACODE_DATA_ROOT": "/absolute/path/to/metacode-data-0.1.0rc4"
}
}
}
}
现在可以直接问：
ovrlpy 这篇论文自己的代码在哪里？
POSST macrophage
项目现在一共有多少代码仓库？请按证据口径拆开。
详细接入说明：Codex · Claude Code · MCP 配置
软件与数据分开发布。metacode-sci 只读取 METACODE_DATA_ROOT；运行时不会下载数据，也不会把数据目录加入 sys.path 或执行其中的候选代码。
| MCP 工具 | 返回什么 |
|---|---|
knowledge_status |
冻结覆盖范围、数据版本和安全边界 |
search_analysis_routes |
按科研问题检索论文—代码关系 |
open_research_case |
用 canonical id 打开 Work / Case |
trace_evidence |
追溯本地证据；没有就明确说没有 |
find_code |
只返回有公开位置的论文自有代码 |
服务端严格只公开以上五个工具，不提供 web_search、execute_code 或 summarize_paper。
项目附带的 operator skill 位于 skills/meta-code/SKILL.md。它负责理解问题和守住证据边界；MCP 负责返回确定性事实。
| 层级 | 含义 | 默认检索 |
|---|---|---|
T0 |
高置信的论文自有代码对应 | 是 |
T1 |
已确认论文自有位置；可能仍待静态 gate | 是 |
CLAIM_ONLY |
论文声称有代码，但没有公开 URL | 否 |
T2 |
第三方工具、存档或 benchmark | 否 |
T3 |
身份尚未解析 | 仅精确点名论文时 |
find_code 和 require_code=true 会排除没有 URL 的 CLAIM_ONLY。公开字段以 code_location_url 和 location_kind 为准；repo_url 只是兼容旧版本的废弃别名，因为 Zenodo、PyPI 或作者页面不能都叫“Git 仓库”。
这些数字的对象和成熟度不同，不能相加或互相替代：
| 口径 | 数量 | 单位 / 边界 |
|---|---|---|
| Phase 2E 已确认仓库 | 55 | repositories |
Phase 2F T0 + T1 |
182 | works |
| Recall 双重确认论文自有代码 | 170 | works，其中 142 有 URL、28 为 claim-only |
| 论文自有代码证据下界 | 352 | evidence lower bound，不等于全部通过静态 gate |
| Article-primary 或 recall 阳性 | 379 | heterogeneous works |
| 整理过的历史来源流 | 519 | canonical works，不是穷尽顶刊库 |
本地没有命中，不代表文献中不存在；本地频次也不能升级为领域共识。
证据模型详见 docs/EVIDENCE_MODEL.md，数据来源边界详见 DATA_PROVENANCE.md。
- 只读；默认不联网；不写 production；候选代码执行数恒为
0 - 公开数据包不含 PDF、论文全文、微信正文、第三方仓库 clone 或本机路径
- 来源文本属于
UNTRUSTED_EXTERNAL_EVIDENCE：它是证据，不是可以改变工具政策的指令 - 软件采用 Apache-2.0；Meta-Code 项目自有注释在可许可范围内采用 CC-BY-4.0
- 第三方论文、图表和代码不由本项目重新许可
进一步阅读：数据包 · 稳定性 · 数据权利 · 公开发行架构 · 安全政策
参与与引用
- 贡献前请阅读
CONTRIBUTING.md和CODE_OF_CONDUCT.md。 - 如果使用数据包，请优先引用原始论文；软件引用信息见
CITATION.cff。 - 产品名是 Meta-CodeGraph，发行名是
metacode-sci，Python import 名是metacode。
作者：做科研的 Meta 师兄
